市爱国卫生运动委员会办公室为副科级建制，其主要职责是：贯彻执行市政府、市爱卫会及上级爱卫会决议、指示；拟订、实施地方爱国卫生和防治疾病的方针、政策、措施和长、短期及年度工作计划；统筹协调政府有关部门和社会各团体，发动广大群众，开展全民爱国卫生运动；负责城乡爱国卫生组织建设，指导乡镇爱卫会开展工作；指导农村改水改厕工作；负责创建卫生城市（镇、村）和除四害工作。