水利普查是一项重大的国情国力调查，是国家资源环境调查的重要组成部分，涉及范围广，参与部门多，工作难度大。各有关部门要在领导小组的统一领导下，充分发挥本部门的职能作用，各负其责，通力协作，密切配合，共同做好水利普查工作。各部门的具体职责分工如下：

　　水利部负责水利普查的日常工作，全面负责水利普查的技术工作，负责水利普查成果的共享利用与分发服务工作。

　　统计局负责水利普查所需社会经济统计资料、单位名录资料以及第二次全国农业普查、第二次全国经济普查等成果资料的协调保障，指导水利普查方案的制定。

　　***负责指导水利普查宣传工作，会同领导小组办公室制定普查宣传工作方案，组织协调新闻媒体做好有关宣传报道。

　　发展改革委负责协调水利普查方案与国民经济社会发展总体规划及有关专项规划的衔接工作。

　　财政部负责中央负担的水利普查经费的保障落实和资金使用的监督管理。

　　国土资源部负责水利普查所需第二次全国土地调查成果和地下水文地质资料的协调保障工作。

　　环境保护部负责水利普查所需第一次全国污染源普查和环保统计年报资料的协调保障工作。

　　住房和城乡建设部负责水利普查所需城市公共供水资料的协调保障工作。

　　农业部负责水利普查所需农业和农村基础资料的协调保障工作。

　　林业局负责水利普查所需林业统计资料的协调工作。

　　能源局负责水利普查所需水电统计资料和全国水能资源普查成果的协调保障工作。

　　气象局负责水土保持普查所需气象基础资料的协调保障工作。

　　测绘局负责水利普查所需的国家基础地理信息成果的协调保障工作，负责水利普查工作底图制作的协调配合。

　　总后勤部负责协调解放军军事管理区和军事禁区内水利普查的组织实施工作。

　　武警部队后勤部负责协调武警部队水利普查的组织实施工作。